玻璃罐（瓶）壁上的油脂和污物过去常采用具有毛刷的机械刷洗，现在则常用高压水喷射清洗，有利于卫生清洁。水能与多种污物起作用，使污物吸水膨胀，有利于脱离玻璃壁。为此，清洗时首先用水浸泡，热水效果更好，然后再用高压水冲击罐壁，这样将更有利于清除污物。故清洗机除采用喷射清洗法外也常采用浸泡清洗和喷射清洗相结合的清洗方法。
清洗时常须使用洗涤剂才能有效地将有些污物和油污清洗干净.回收的旧瓶经常沾有食品碎屑和油脂，就需用2%-3%的氢氧化钠溶液，在40-50℃温度下浸泡5-10min，这不但可以将脂肪洗净，同时还能将贴商标的胶水洗去，使瓶子的内外都很清洁。碱液浓度有时高达5%，若是清洗新的瓶子，因油污较少，可用1%氢氧化钠溶液。此外还可采闲天水碳酸钠和磷酸氢钠等，也可用合成洗涤剂。
最理想的洗涤剂是既要求能去除油污，又要求能中和酸性液体，洗净有机物和弔机物并消灭微生物。目前，还没有一种洗涤剂能满足上述要求，故最好能采用混合洗涤剂，其中主要成分应为1%-3%的氢氧化钠.有人认为采用70℃C的3%-4%的氢氧化钠，1%-1.5%磷酸三钠和2%-2.5%的水玻璃组合而成的混合液，浸泡8-10 min，效果极好。
也有采用漂白粉水溶液进行清洗以提高杀菌力。工业用漂白粉中含25%-30%有效氯，使用时可先将1份漂白粉和2份水充分混合成浓浆，再加5-6份水拌和，静置24h后取上层透明的绿色溶液依照所需浓度配置成溶液。
氯通过氧化反应或直接和细胞蛋白质结合而将微生物杀死。温度，pH值和有机物质将影响其消毒效果。
