目前，市场上饮水机的消毒类型大致有浸泡消毒法、喷淋循环消毒法、以及利用臭氧消毒原理，并用特别设计的饮水机消毒插头将臭氧导入机内进行消毒等方法。下面将各类方法简述如下：
1、 浸泡消毒法
用消毒液浸泡饮水机各管路。消毒液有效成分以二氧化氯、双氧水为多。二氧化氯成本低，但残留不易清洗；双氧水残留易清洗，但价格高。使用二氧化氯消毒时，用50-100mg/L的浓度消毒5分钟，即可达到消毒目的；使用双氧水消毒时，用1.5%左右的浓度消毒5分钟也能满足要求。
另外，醛类消毒剂如甲醛、二醛杀菌能力很强，但刺激性气味大，且不易清洗，价格较贵。
此类消毒方法无压力，无法对饮水机内胆、管壁、分水管道等部位进行循环冲洗，难以将污物带出。如浸泡时间与药物浓度把握不准，也难以起到消毒效果。
2、 喷淋循环消毒法
喷淋循环消毒法利用高压喷淋的工业消毒原理，从饮水机聪明座喷射消毒剂，通过高压使消毒水流在饮水机“体内循环”，药液回收后无须再用水洗，费用与浸泡法相当，已受到许多饮水机生产厂商的关注。
3、 释放臭氧消毒法
在饮水机冷水腔和热水腔内的水放完的情况下，将消毒插头插在饮水机聪明座上，接入臭氧发生器胶管，打开臭氧发生器电源，通入臭氧15分钟，然后打开冷水嘴5分钟后关闭（使臭氧对冷水流通管道消毒），再打开热水嘴5分钟，然后关闭（必要时可将饮水机下排水口打开，使臭氧气体通过下排水口进行消毒，一般每半年排放一次），可以保证使饮水机彻底消毒灭菌。
使用臭氧通过饮水机消毒插头对饮水机消毒，无二次污染，消毒后可以马上使用，解决了饮水机清洗难、药液清洗消毒有残留的问题。
