(1)列管式杀菌器的清洗和消毒
乳制品中富含营养，微生物极易生长繁殖，设备的清洗消毒必须彻底。
设备使用前，先将清水送入列管中，再开启蒸气阀门，使水逐渐升温至牛乳(或其他物料)的杀菌温度或更高，并不断地由出料口排出，时间约5min。
使用结束时，将列管中的牛乳放尽，注入清水，在维持杀菌温度的条件下，将设备及管道内的牛乳清洗干净。接下来将2%-3%的氢氧化钠溶液泵入设备内，加热至70-80℃，并在此温度下循环加热15-20 min.然后将清水泵入设备和管道，冲洗酸液，以免工作时牛乳遇酸结块。最后打开两端封盖，检查清洗情况，对没有清洗干净的地方，可用钢丝刷刷净.
(2)板式杀菌器的清洗和消毒
乳垢易隐藏细菌，特别是在27-49℃之间，细菌很快就会达到庞大数量，超过49℃时，耐热细菌会很快增加。为防止乳垢形成，每连续流通温牛乳超过5 h，一般可按下列程序进行.
清水喷射 工作结束后，用乳泵泵入清水循环，直至排出水澄清为止。
热水循环 立即打开蒸气阀门，并继续用泵送入清水，使循环水温度加热至65-70℃，一直进行循环。
碱液洗涤 在每1000 L循环水中加75 g氢氧化钠，保持65-70℃水温，循环15 min。
清水冲洗 碱液循环后，通入清水冲洗，将残存碱液洗掉。
酸液洗涤 在每1000 L循环水中加75g 40%浓度的硝酸等清洗剂，保温65-70℃，循环清洗30min。
清水冲洗 同上清水冲洗。
碱液洗涤 再用上述浓度碱液洗涤一次，保持65-70℃，循环30 min。
清水冲洗 最后用清水将残存碱液彻底洗净.
(3)挤压滚筒杀菌器的清洗和消毒
该设备为高温连续式杀菌设备，一般用于鲜乳及稀奶油的杀菌操作中。
工作结束后，用大量的清水将乳品顶出，然后用一定浓度的碱液，酸液循环加热清洗2-3h，或用人工拆洗。
该设备主要缺点是杀菌温度有时不够稳定，漏斗易形成泡沫，拆洗较为不便，清洗时劳动强度大，滚筒表面易结垢或结焦难以清洗等。
